Epothilone B là một macrolactone polyketide 16 thành viên với nhóm methyl thiazole được kết nối với macrocycl bằng một liên kết olefinic. Xương sống polyketide được tổng hợp bởi polyketide synthase loại I (PKS) và vòng thiazole có nguồn gốc từ một cystein được kết hợp bởi một synthetase peptide phi lợi nhuận (NRPS). Trong quá trình sinh tổng hợp này, cả PKS và NRPS đều sử dụng protein vận chuyển, đã được sửa đổi sau dịch mã bởi các nhóm phosphopantheteine, để tham gia chuỗi tăng trưởng. PKS sử dụng coenzyme-A thioester để xúc tác phản ứng và biến đổi cơ chất bằng cách khử có chọn lọc β carbonyl thành hydroxyl (Ketoreductase, KR), alkene (Dehydratase, DH) và ankan (Enoyl Reductase, ER). PKS-I cũng có thể methyl hóa carbon carbon của chất nền. NRPS, mặt khác, sử dụng các axit amin được kích hoạt trên enzyme dưới dạng aminoacyl adenylates. Không giống như PKS, epime hóa, N-methyl hóa và hình thành dị vòng xảy ra trong enzyme NRPS.[8]